Esta es definitivamente una pregunta hipotética, que normalmente nunca debería suceder en una casa editorial bien dirigida.
a) No puedes ser el Editor de tu propio jefe o superior. Eso es conflicto de intereses y prácticamente inútil.
b) No puedo imaginar a un autor que confíe en su editor y no siga su guía. Si se produce el escenario, parece que el autor no respeta completamente el editor y es hora de que se vaya.
Cómo tratar con un autor que no acepta sugerencias para modificar un guión
Trate de explicarle al autor por qué está haciendo las modificaciones. Todo lo que puedes hacer como editor es editar el manuscrito. Puede depender del autor o editor aceptar sus ediciones. Haz tu trabajo – deja que otros hagan el suyo. Converse con su autor y explique que desea que el artículo sea lo mejor posible, lo que es bueno para todos.