¿Es la etiqueta deshonesta / mala para chatear con alguien en mensajería instantánea mientras está “invisible”?

No.

Estás ocupado y no quieres que te molesten.

Caso I: Te quedas atascado con algún problema y para salir de él, le pides a una persona que te retire. Ético.

Caso II: La persona con la que estás chateando es especial. Familia primero, luego trabajo. Ético.