¿Las personas son menos inteligentes si aceptan la ciencia de algo (a ciegas o creen en ella como una religión) que las personas que aceptan la ciencia pero la cuestionan?

No es tanto una cuestión de inteligencia como de sabiduría.
La creencia ciega, religiosa o no, nunca es sabia.

La inteligencia es más una capacidad de procesamiento de patrones lógicos, que un sentido de la utilidad, peligro o posible naturaleza errónea de algo.

Prestar inteligencia para procesar la posibilidad de que una parte de la ciencia esté equivocada, generalmente lo hacen los científicos [aunque no siempre] Desafortunadamente, la falta de educación y comprensión de lo que es la ciencia y cómo se hace bien, es tan común que la gente a menudo simplemente acéptalo, porque los productos tecnológicos de la ciencia son tan sorprendentes que asumen que los científicos no pueden estar equivocados. Ellos pueden
Quienes conocen la ciencia, saben que siempre se está refinando y cambiando a medida que crece. Es solo un conjunto de modelos que tienen poder explicativo, no son perfectos.
El cuestionamiento es la esencia misma de la construcción de buenos modelos.

Por supuesto. La aceptación ciega, sea lo que sea, nunca es inteligente. Dios no lo quiere. Si alguien lo exige, no son de Dios.

Dicho esto, si hay que cuestionar algo, son las teorías utilizadas en el método científico, que son falsificables por definición. Una cuestión totalmente diferente son los hallazgos empíricos de las ciencias que, como hechos, son innegables, también por definición. El problema es decidir qué es un hecho y qué no lo es. Por ejemplo, es un hecho que los sistemas vivos evolucionan, pero no es un hecho que evolucionen de acuerdo con la evolución darwiniana, y mucho menos que la evolución demuestre que no hay Dios, simplemente porque la química orgánica se deriva de la química inorgánica. Este es un caso claro de “aceptar la ciencia”, pero cuestionar qué puede hacer el científico, lo que es más inteligente que tomar como indiscutible lo que la ciencia diga de boca de los científicos.

Por definición, sí. Pero eso es diferente de alguien que acepta la ciencia sin cuestionarla porque determina que es el método más barato y no se hace ilusiones de que su atajo disminuirá la precisión de su conocimiento.
De todos modos, el cuestionamiento es caro.