Ciencia cognitiva: ¿es el ego un fenómeno científicamente aceptado?

No claro que no. Ni siquiera existe un consenso en cuanto a lo que significa el término. Como señala Justin Eiler, el término se usa para indicar “sentido del yo”, de manera general, pero también para indicar “conciencia consciente”, “orgullo” y toda una serie de otros matices en diferentes contextos.
No hay una “interpretación budista” de “ego” ya que no hay una palabra en sánscrito o pali que sea equivalente al término tal como existe en el uso común en el idioma inglés, y resulta de las dificultades de traducir conceptos filosóficos o psicológicos específicos de Un lenguaje en el de una cultura que no comparte los mismos conceptos.
En el mejor de los casos, “ego” es una etiqueta aproximadamente equivalente a “self” (las unidades primarias y básicas pertenecen más apropiadamente a la “Id” en la psicología de Freud, pero ese es un término igualmente impreciso), pero sería mejor verificar dos veces qué quiere decir el autor con el término cuando lee cualquier trabajo sobre psicología y busca una definición más precisa del término original no traducido al leer escritos filosóficos o espirituales.
No tiene una definición científica, y es simplemente una etiqueta utilizada de diferentes maneras por diferentes modelos de conciencia, y no es una etiqueta particularmente buena.

En el discurso popular en los Estados Unidos, usamos el término ego para referirnos a su sentido de estado y poder. Por ejemplo, las actividades de “impulso del ego” son aquellas que están diseñadas para aumentar su estado o alcance de poder de alguna manera.

En la espiritualidad, es un término mal definido, que generalmente se refiere a un falso sentido de sí mismo que debe eliminarse de alguna manera para encontrar la verdad.

En ciencia, tiene sus orígenes con la psicología freudiana. Ego es simplemente latín para I, y se usó para dar un sonido sofisticado a Freud cuando su material se tradujo al inglés. Es la parte de nosotros mismos que busca satisfacer los impulsos básicos provocados por el id.

Para una buena argumentación, vea El túnel del ego de Thomas Metzinger.